上海国际海事信息与文献网

        本研究中，基于克隆文库技术，研究者利用来自马里亚纳海沟的沉积物样本，分别构建了396条古菌和1868条细菌16S rRNA基因全长序列。并进一步根据PDFaith和MNTD系统发育分析证明了V3–V4区域为海沟沉积物微生物群落中最具代表性的16S rRNA基因高变区。为了更好地覆盖海沟微生物群落的多样性信息，研究者还从海沟沉积物样本的宏基因组数据集中提取了34条古菌和986条细菌全长16S rRNA基因序列。基于以上两部分数据集，研究者设计了2对古菌特异性引物（A306F/A713R和A350F/A751R）和1对细菌特异性引物（B344F/B749R），并在来源于马里亚纳海沟的30个沉积物样本中验证了三对新设计引物的有效性、特异性、覆盖度以及潜在的应用价值。

        研究发现，与通用引物相比，在30个马里亚纳海沟沉积物中，有46个科水平的细菌仅可被新设计的引物B344F/B749R检测到；有8个科水平的古菌仅可被新设计的引物A306F/A713R检测到。此外，A306F/A713R在所有测试的古菌引物中覆盖了最多的ASVs（扩增子序列变体），表明其在海沟沉积物中可以探测到更多的古菌物种，而这些古菌物种在基于通用引物的检测中很容易被忽视。本研究为进一步探索在高静水压力下海沟沉积物生态系统中独特的微生物多样性和生态功能提供新手段。